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諾獎解讀|古DNA破解人類從何而來,一項“幾乎不可能的任務(wù)”
·斯萬特·帕博獲獎非常非常出乎我們意料,因為這跟諾貝爾獎的傳統(tǒng)非常不一樣。
·和歐亞大陸和美洲人群一樣,中國人群也含有少量尼安德特人遺傳片段,但它是在本地雜交的結(jié)果,還是在6萬年左右現(xiàn)代人最后一次走出非洲后與尼安德特人雜交的結(jié)果,目前還并不清楚。
10月3日,2022年諾貝爾生理學或醫(yī)學獎授予瑞典科學家斯萬特·帕博(Svante P??bo),以表彰他對已滅絕人種的基因組和人類進化的發(fā)現(xiàn)(詳見澎湃科技報道)。澎湃科技連線多位中國科學家,解讀帕博的學術(shù)成果,以及對科學界的影響和啟發(fā)。

斯萬特·帕博(Svante P??bo)。圖片來源:諾貝爾獎委員會官網(wǎng)
澎湃科技:大家都覺得斯萬特·帕博獲獎屬于“爆冷”,你是否感到意外?
李輝(復(fù)旦大學人類遺傳學與人類學系教授):斯萬特·帕博是我們行業(yè)里的國際領(lǐng)軍人物,我很多學生都曾經(jīng)在他的團隊里工作過。他的獲獎理由跟以往的獲獎?wù)呤遣灰粯拥?,以往諾貝爾生理學或醫(yī)學獲獎?wù)叩难芯渴呛芗夹g(shù)性的,能夠解決一個應(yīng)用問題,比如找到青蒿素,解決了瘧疾流行的問題,治療瘧疾。而今年的獲獎?wù)攉@獎理由是“表彰他關(guān)于已滅絕古人類基因組和人類進化的發(fā)現(xiàn)”,這是一個很基礎(chǔ)的科學問題,即古人類是什么。在人類進化領(lǐng)域,以這個理由拿到諾貝爾獎,是十分罕見的。
他的研究解決了古人類基因組的測序問題,通過測序方法的改進,把原來檢測不出來的、非常少的、殘留的DNA檢測出來了,這是絕對漂亮的工作,而且對人類關(guān)于進化的認知是至關(guān)重要的,但是這方面的獲獎非常非常出乎我們意料,因為這跟諾貝爾獎的傳統(tǒng)非常不一樣。
倪喜軍(中國科學院古脊椎動物與古人類研究所研究員):坦率講我是覺得有一點意外的,當然也算是一個驚喜了。通常來講,因為這樣的工作在諾獎里面獲獎的并不多。我之前讀過他的自傳,當時有想過他會不會得諾貝爾獎,但我想的主要還是技術(shù)上的突破,而這次獲獎理由說到對古人類學的重大影響,對我們做古人類學研究的人來說,也是很值得高興的一件事情。
胡益洲(瑞典卡羅琳斯卡醫(yī)學院研究員):諾貝爾醫(yī)學獎由醫(yī)學諾獎評審委員會評估推薦,最終由醫(yī)學諾獎選舉團選舉產(chǎn)生。評審委員會和選舉團所有成員都是由瑞典卡羅琳斯卡醫(yī)學院的教授組成。其中選舉團由卡羅琳斯卡醫(yī)學院50 位教授組成,每年開會5次,討論諾貝爾獎候選者提名、醫(yī)學諾獎評審委員會的人員組成和評審報告,并在10月的第一個星期一投票決定諾獎得主。
選舉團成員職位為長期,只有當一個席位出現(xiàn)空缺時,才會由選舉團重新推選新成員。自今年起,專注于測序技術(shù)開發(fā)和大數(shù)據(jù)算法的系統(tǒng)醫(yī)學教授正式進入醫(yī)學諾獎評審委員會,也為相關(guān)領(lǐng)域的候選者的評審提供了更多的專業(yè)建議和參考。
今年的醫(yī)學諾獎并沒有落在傳統(tǒng)的神經(jīng)、免疫等熱門領(lǐng)域,而是專注到基因組測序與古人類研究上。核心發(fā)現(xiàn)在于,從基因組上破譯從古人類到現(xiàn)代人類的生命傳承。

DNA位于細胞內(nèi)的兩個不同區(qū)域。核DNA包含大部分遺傳信息,而小得多的線粒體基因組則以數(shù)千個拷貝存在。死亡后,DNA會隨著時間推移而退化,最終只剩下少量。它還會被來自例如細菌和現(xiàn)代人類的DNA污染。圖片來源:諾貝爾獎委員會官網(wǎng)
澎湃科技:你怎么評價斯萬特·帕博的突破性貢獻?
王傳超(廈門大學社會與人類學院人類學與民族學系教授):帕博自上個世紀 80 年代開始古 DNA 研究以來,一直在為探索古DNA實驗技術(shù)和建立古DNA研究標準而努力,將冷門做成了熱門,為生物學其他學科也打下了基礎(chǔ),為研究人何以為人提供了可能。特別是他用古DNA解析已滅絕的尼安德特人和丹尼索瓦人基因組,為研究人類進化提供了參考,回答我們?nèi)祟悶槭裁茨軌虺蔀槿祟悺⑻厥庵幵谀睦铩?/p>
胡益洲:目前帕博團隊的技術(shù)已經(jīng)可以檢測最早至43萬年前的古人類DNA,完成了原先看來幾乎不可能的任務(wù);他發(fā)現(xiàn)了新的古人類種群,這里有一定天時地利的因素,古人類骨頭的DNA基本完好地保留了下來,并且剛好是以往未知的人類種群;他建立了一個全新的科學學科——古基因組學,建立了目前最完整的古人類基因組數(shù)據(jù)庫,為后續(xù)研究奠定了極其重要的基礎(chǔ)。
李輝:我們一直有終極三連問的困擾:我們是誰,我們從哪里來,我們往哪里去?帕博的工作實際上解決了我們過去搞不清楚的“人從哪里來”的問題。“我們是誰”關(guān)系到我們跟誰最接近,所以就要去尋找我們的兄弟姐妹到底在哪里,什么時候滅絕的,跟我們什么時候分道揚鑣的,過去我們只能猜,比如挖到了一個化石,看他們和我們長得像不像,但和有沒有關(guān)系之間實際上是有出入的。如果把基因組做出來了,那么彼此之間有沒有關(guān)系就很清楚了。
倪喜軍:從化石里成熟地提取出基因,建立基因組,是一個巨大的突破。能夠在化石里邊開展基因測序工作,實際上就是把現(xiàn)代基因組學工作拓展了一個維度,對于古人類學研究也是拓展了一個維度。盡管古DNA研究能夠覆蓋的時間還非常短,大概到40萬年前,但仍然增進了許多新的認識。
他的工作首先確證了人類演化過程中存在不同的物種,比如尼安德特人和丹尼索瓦人是獨立的物種;其次,在基因和遺傳學水平上,發(fā)現(xiàn)不同物種之間存在雜交現(xiàn)象;第三,尼安德特人的滅絕也提示我們,人類物種也是自然的一部分,有生有滅,演化規(guī)律和其他生物一樣。

帕博的發(fā)現(xiàn)提供了有關(guān)智人從非洲遷移到世界其他地方時世界人口分布情況的重要信息。尼安德特人居住在歐亞大陸的西部,丹尼索瓦人則居住在東部。當智人遍布整個大陸時,人種的結(jié)合就發(fā)生了,留下了“印”在我們DNA中的痕跡。圖片來源:諾貝爾獎委員會官網(wǎng)
澎湃科技:具體來說,帕博有哪些標志性的工作成果?
王傳超:2010 年,帕博領(lǐng)導(dǎo)的研究組對已滅絕的尼安德特人(Neanderthal)全基因組測序分析,發(fā)現(xiàn)非洲現(xiàn)代人中沒有任何尼安德特人的遺傳成分,但是在非洲之外的現(xiàn)代人群中都有1%~4%的尼安德特人混血。其后,4萬年前生活在北亞的丹尼索瓦人(Denisovan)的全基因組也被成功解析,人類起源模型被修正為了“晚近非洲起源附帶雜交”。
胡益洲:帕博團隊早在1990年對4萬年前的古人類骨頭中一小部分DNA 進行了測序,并且在2010年初步的完成了對尼安德特人基因組測序。此外,帕博團隊于2008年在西伯利亞南部的一塊古人類手指骨頭中提取了完整的DNA并進行了測序,發(fā)現(xiàn)了一種與現(xiàn)代智人、尼安德特人都不相同的人類種群。深入研究發(fā)現(xiàn),東南亞和太平洋西南地區(qū)的人群攜帶有高達6%的丹尼索瓦人DNA。
澎湃科技:尼安德特人和丹尼索瓦人留給現(xiàn)代人類的基因,對今天的我們有怎樣的啟示?
胡益洲:尼安德特人是現(xiàn)代人類的近親,但早已滅絕。他們和現(xiàn)代人類的祖先在同一片亞歐大陸上共存了數(shù)萬年。帕博的基因組測序和重構(gòu),顯示了現(xiàn)代人類與尼安德特人的基因融合。這種遠古時期的基因融合對我們現(xiàn)代人類具有重要生理意義,比如這些基因可以影響我們的免疫系統(tǒng)對感染的反應(yīng)。
帕博團隊已經(jīng)完成了對已滅絕人類種群的額外的基因組序列分析,分析表明:遠古時期,尼安德特人居住在歐亞大陸的西部,而丹尼索瓦人居住在東部。當現(xiàn)代人類的祖先智人開始遷移并遍布整個歐亞大陸時,各種人類種群間的雜交自然而然的發(fā)生,并且在現(xiàn)代人的DNA中留下了痕跡,這些古人類的DNA痕跡甚至在延續(xù)著古人類的生理功能,守護著我們現(xiàn)代人的健康和生命。這些發(fā)現(xiàn)建立了一種被科學界廣泛利用的獨特資源,方便我們更好地了解人類進化和遷移。
倪喜軍:尼安德特人遺傳殘留在現(xiàn)代人類中的基因,大多和有害突變相關(guān)聯(lián),這也反映了種間雜交的特點。但也有一些有益的基因,比如丹尼索瓦人的少量DNA可能使得現(xiàn)代人類適應(yīng)高海拔的生活。
李輝:基于對過去的回溯,我們就能知道,人類以什么樣的速度在進化,實際上這對我們認識未來也起到非常關(guān)鍵的作用。人類不可能停止進化的腳步,只是在以很緩慢的、我們感覺不到的速度在發(fā)生變化,那么我們未來會怎么樣,不同的環(huán)境對我們?nèi)祟惖纳眢w、基因會產(chǎn)生什么樣的影響?比如說疫情對我們的基因會產(chǎn)生怎么樣影響?人類在全球范圍內(nèi)的流動對我們的未來會產(chǎn)生什么影響?這些問題都要基于我們對過去的進化的認知,才有可能做出相對正確,或者更加正確的判斷。

(左圖)帕博從已滅絕的人類骨骼標本中提取 DNA。他首先從德國的尼安德特人那里獲得了一塊骨頭碎片,該地點以尼安德特人的名字命名。后來,他使用了來自西伯利亞南部丹尼索瓦洞穴的一根指骨,丹尼索瓦人就是在這個地方命名的。(右圖)系統(tǒng)發(fā)育樹顯示智人與已滅絕的人類之間的進化和關(guān)系,還說明了帕博發(fā)現(xiàn)的基因流。圖片來源:諾貝爾獎委員會官網(wǎng)
澎湃科技:在古DNA研究方面,帕博克服了怎樣的難點?
王傳超:古DNA是指古代生物遺體或遺跡中殘存的DNA片段,包括古代人類DNA、古代動植物和微生物DNA等。對古人進行DNA的研究往往受限于DNA降解嚴重,微生物DNA含量高和現(xiàn)代人群DNA污染等因素的影響,能否從古代人類遺骸中成功獲取內(nèi)源性古DNA并進行深入研究分析,一直是古DNA研究領(lǐng)域面臨的實際困難和挑戰(zhàn)。
李輝:化石,或者我們應(yīng)該叫亞化石,因為它沒有完全變成礦物,只是部分變成礦物,里面還有有機物,隨著時間的推移,里面的DNA不斷地降解,當我們拿到一塊1萬年、2萬年、3萬年的骨頭的時候,按照傳統(tǒng)的檢測手段,根本找不到其中的DNA,必須要有特別的檢測手段。帕博的方法是用探針把古代人種的基因組從礦物、土壤、細菌的基因組等亂七八糟的雜質(zhì)里抓取出來,就像扔一個鉤子進去,鉤子自動把它吸住,勾出來,就是這么一個事兒。
我們以前沒辦法,就是像翻垃圾堆一樣拼命翻,要看運氣的,困難程度就像在整個上海生產(chǎn)的垃圾堆里找戒指。像我以前讀博的時候,就從良渚文化的古人里面一個一個地去檢測,花了好幾年才完成幾個位點的檢測。用他現(xiàn)在的方法的話,很多事情一兩天就做完了,而且是整個全基因,不像我們當時,挖掘出來的只是一個基因片段。

帕博的開創(chuàng)性工作為解釋是什么讓我們成為獨特的人類提供了基礎(chǔ)。圖片來源:諾貝爾獎委員會官網(wǎng)
澎湃科技:中國境內(nèi)有尼安德特人的發(fā)現(xiàn)嗎?
倪喜軍:目前中國境內(nèi)還沒有發(fā)現(xiàn)大家認可的尼安德特人。馬壩人和許昌人有一些尼安德特人特征,但很遺憾這兩個化石都沒有提取到古DNA數(shù)據(jù)。和歐亞大陸和美洲人群一樣,中國人群也含有少量尼安德特人遺傳片段,但它是在本地雜交的結(jié)果,還是在6萬年左右現(xiàn)代人最后一次走出非洲后與尼安德特人雜交的結(jié)果,目前還并不清楚。
澎湃科技:中國的古人類學研究未來還有哪些發(fā)展?
王傳超:隨著分子克隆、PCR、二代測序技術(shù)、引物延伸捕獲和液相雜交捕獲等擴增和測序技術(shù)的不斷涌現(xiàn),古DNA研究已逐漸成為一個用途廣泛、極有發(fā)展前景的領(lǐng)域。通過古DNA研究,結(jié)合考古學、歷史學、語言學和古生物學等,能夠分析古代生物的譜系、分子演化理論、人類的起源和遷徙、疾病和健康狀況、食物來源和種類、動植物的家養(yǎng)和馴化過程等。
倪喜軍:古DNA技術(shù)在世界各地得到廣泛應(yīng)用,在我國也有很多實驗室進行古DNA研究,比如中科院付巧妹團隊、廈門大學王傳超團隊、復(fù)旦大學文少卿團隊等,他們都在不斷產(chǎn)出新的研究數(shù)據(jù)。應(yīng)用到國內(nèi)考古研究,認識不同歷史時期人群的擴散和交流的路線和途徑,產(chǎn)生很多有益的成果,包括把形態(tài)學和基因組水平的演化結(jié)合,研究潛在的醫(yī)學應(yīng)用。
我們團隊正在對新發(fā)現(xiàn)的龍人頭骨做進一步分析,擴大原有的數(shù)據(jù)矩陣,計劃將現(xiàn)有已發(fā)表的DNA數(shù)據(jù),與化石年代學和形態(tài)學的數(shù)據(jù)結(jié)合,進行綜合分析,建立更完善的系統(tǒng),以研究人類演化過程中存在多少支系,其中有多少滅絕了,它們各自又是如何擴散的。
澎湃科技:帕博的研究生涯對中國科學界有哪些啟示?
倪喜軍:帕博從起步至今二十幾年的工作,可以說是非常典型地由興趣驅(qū)動,而不是因為直接看到技術(shù)轉(zhuǎn)化應(yīng)用的可能。帕博最初在阿倫·威爾遜(Allan Wilson)的實驗室里做研究,他也是古DNA領(lǐng)域的先驅(qū),最開始也是沒有什么大的影響的。很多技術(shù)的發(fā)展和發(fā)現(xiàn),都是在前期看上去沒什么用處的工作的基礎(chǔ)上出來的。
德國馬普所能夠為帕博建立實驗室,提供了非常好的支持,這也是他成功的關(guān)鍵之一。他還說動了很多古人類學家提供材料,去做“破壞性”的工作,鉆洞提取樣品。
我真的希望年輕人能夠有足夠的這樣的運氣,獲得穩(wěn)定的支持做他喜歡做的事情,而不必去擔心很多其他事情。中國不缺優(yōu)秀的科學家,優(yōu)秀科學家需要生長的土壤,少一點行政干預(yù),不要那么急功近利地追問產(chǎn)出。這對科研管理者是一個啟發(fā)。

2022年諾貝爾生理學或醫(yī)學獎得主、瑞典科學家斯萬特·帕博(Svante P??bo),演化遺傳學家,古遺傳學領(lǐng)域的開創(chuàng)者之一,德國萊比錫馬克斯·普朗克科學促進協(xié)會(馬普所)演化人類學研究所所長。





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