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遺傳學(xué)家:有害突變積累能使新冠病毒崩潰,促進(jìn)病毒種群滅絕
隨著新冠肺炎(COVID-19)疫情在全球持續(xù)發(fā)展,迄今為止科學(xué)家們已將巨大的精力集中在潛在的治療策略上。當(dāng)?shù)貢r(shí)間4月6日,國(guó)際學(xué)術(shù)期刊《自然》出版商N(yùn)ature Publishing Group旗下的期刊Heredity(《遺傳》)在線(xiàn)發(fā)表文章指出,應(yīng)關(guān)注種族遺傳學(xué)中的“突變消融(mutational meltdown)”效應(yīng)在COVID-19治療方法探索中的作用,即研究能夠使病毒有害突變積累的方法,促進(jìn)病毒種群的滅絕。
美國(guó)亞利桑那州立大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院教授、遺傳學(xué)家Jeffrey D. Jensen與Michael Lynch在文中表示,對(duì)于新冠病毒而言,在患者人群中誘導(dǎo)突變消融的產(chǎn)生能夠促進(jìn)消除病毒,有利于發(fā)現(xiàn)潛在治療方法。同時(shí),利用種群遺傳學(xué)理論對(duì)于解決當(dāng)前全球面臨的公共衛(wèi)生問(wèn)題有重大作用。
Jensen團(tuán)隊(duì)的實(shí)驗(yàn)室(Jensen Lab)開(kāi)發(fā)了用于描述和量化生物進(jìn)化過(guò)程的理論和統(tǒng)計(jì)方法,通過(guò)分析實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)推動(dòng)了解選擇性和適應(yīng)性效應(yīng)的潛在分布。
他們表示,此前的針對(duì)抗病毒藥物法匹拉韋(favipiravir)應(yīng)用于甲型流感治療的研究表明,低濃度下病毒存在潛在適應(yīng)性。但是,在較高濃度下,病毒突變以接近線(xiàn)性的速率積累,直到達(dá)到轉(zhuǎn)折點(diǎn)為止,在該轉(zhuǎn)折點(diǎn)處能觀察到突變的積累急劇增加,隨后病毒種群崩潰。
有害突變積累可導(dǎo)致病毒種群滅絕
所謂突變消融,是指在種群遺傳學(xué)領(lǐng)域,由于有害突變的積累,種群可能滅絕,這一過(guò)程此前已在理論上和實(shí)驗(yàn)上被深入研究??茖W(xué)家們指出,理解這種效果的關(guān)鍵是考慮自然選擇的功效。
從生物進(jìn)化與遺傳學(xué)角度而言,因?yàn)榇嬖诟嗟钠茐亩皇歉纳苹蚪M功能的方法,絕大多數(shù)影響適應(yīng)性的新突變都是有害的而不是有益的。因此,如果增加突變率,則結(jié)果是對(duì)病毒有害的變體過(guò)量。
如果突變壓力足夠大,自然選擇將無(wú)法清除有害突變的輸入,因此這些變異可能會(huì)保留在種群中,甚至達(dá)到固定狀態(tài)。這種有害的負(fù)荷進(jìn)一步限制了自然選擇清除其他變體的能力,從而允許更多有害的突變積累和修復(fù),依此類(lèi)推形成的雪球效應(yīng)可能導(dǎo)致種群最終滅絕。
作者們還指出,與靶向特定基因組區(qū)域的藥物機(jī)制相反,這種有害突變的輸入是全基因組效應(yīng),在病毒所有功能必需的基因組區(qū)域上都注入了有害變異。
事實(shí)上,這一理論模型早在1990年代就已經(jīng)被科學(xué)家們掌握,他們認(rèn)為,突變消融對(duì)于消除種群的作用取決于細(xì)胞種群的承受能力、種群的絕對(duì)增長(zhǎng)率、突變的有害作用和突變率。
2019年,中國(guó)科學(xué)院北京基因組研究所呂雪梅研究組等團(tuán)隊(duì)也曾發(fā)文稱(chēng),腫瘤生長(zhǎng)中會(huì)積累大量對(duì)腫瘤細(xì)胞有害的突變,而腫瘤群體大小、有害突變速率(mutation rate)和突變效應(yīng)(mutational effect)決定了腫瘤群體存亡的命運(yùn)。
Jensen等人表示,在這種模型下,如果有害突變的輸入足夠高,則繁殖個(gè)體的數(shù)量將下降,突變消融對(duì)于誘發(fā)患者體內(nèi)病毒種群的滅絕有積極作用。
法匹拉韋等治療方法與新冠病毒突變消融相關(guān)
研究人員提到了對(duì)新冠肺炎具有潛在療效的藥物法匹拉韋(favipiravir),它已被證明能抑制流感等病毒的RNA依賴(lài)性RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp)。

值得特別指出的是,法匹拉韋用于治療甲型流感病毒(IAV)的體外研究表明,這種抑制劑存在與病毒突變消融模型的相關(guān)性。
據(jù)悉,法匹拉韋是治療流感的境外上市藥物,已于今年2月正式獲得國(guó)家藥監(jiān)局批準(zhǔn)上市,成為疫情期間全國(guó)第一個(gè)批準(zhǔn)上市的對(duì)新冠肺炎具有潛在療效的藥物。
“法匹拉韋”由日本富山化學(xué)工業(yè)株式會(huì)社(Toyama Chemical Co.,Ltd)研發(fā),于1999年申請(qǐng)化合物專(zhuān)利,2014年獲日本的條件性許可并上市,用于流感的抗病毒治療,法匹拉韋是其商品名。
據(jù)日本NHK報(bào)道,由于擔(dān)心潛在副作用風(fēng)險(xiǎn),2014年上市后,法匹拉韋一般只作為其他流感治療手段無(wú)效后的治療藥物進(jìn)行使用。
今年2月15日,在國(guó)務(wù)院聯(lián)防聯(lián)控機(jī)制新聞發(fā)布會(huì)上,科技部生物中心主任張新民表示,針對(duì)其對(duì)于新冠肺炎療效的臨床試驗(yàn)結(jié)果顯示,法匹拉韋具有較明顯的療效和較低的不良反應(yīng)。
根據(jù)2017年研究人員對(duì)于法匹拉韋和奧司他韋(Oseltamivir)在甲型流感治療中的聯(lián)合作用研究結(jié)果,病毒對(duì)藥物的抗性突變似乎實(shí)際上加速了種群下降,原因是病毒種群中相關(guān)有害變異的“搭便車(chē)(Hitchhiking)”效應(yīng)。
簡(jiǎn)單來(lái)講,這一事實(shí)表明,在高于臨界突變率時(shí),病毒的大量突變可能減輕有益突變之間的競(jìng)爭(zhēng),或者甚至可能關(guān)閉(病毒對(duì)藥物的)適應(yīng)過(guò)程。
作者們表示,法匹拉韋的臨床試驗(yàn)結(jié)果表明,與其他經(jīng)過(guò)測(cè)試的藥物治療相比,其對(duì)于病毒的清除速度更快。但相比于經(jīng)過(guò)更深入研究的其對(duì)于消除甲型流感病毒的機(jī)制,新冠病毒存在大量生物學(xué)差異,需要進(jìn)一步的體外研究以理解它的突變消融機(jī)制。
因此,盡管仍然需要探索許多關(guān)鍵問(wèn)題,作者們認(rèn)為,迄今為止的結(jié)果證明了在新冠病毒治療中誘導(dǎo)突變消融的潛在價(jià)值,同時(shí)突出了利用種群遺傳學(xué)理論解決相關(guān)公共衛(wèi)生問(wèn)題的重要性。





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