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全球疫情

據(jù)丁香園5月7日20:45新冠疫情統(tǒng)計(jì)，全球累計(jì)確診破370萬(wàn)，全球累計(jì)確診數(shù)前十的國(guó)家,均突超過(guò)10萬(wàn)人，其中美國(guó)達(dá)到122.8萬(wàn)人。

新冠病毒自去年底傳播全球？

根據(jù)倫敦大學(xué)學(xué)院（UCL）遺傳學(xué)研究所所長(zhǎng)Francois Balloux教授領(lǐng)銜、發(fā)表于愛(ài)思唯爾集團(tuán)旗下權(quán)威期刊《感染、遺傳學(xué)與進(jìn)化》的最新研究，在從全球7600多名新冠病患中提取的新冠病毒新基因分析顯示，自2019年年底以來(lái)，這種病毒已經(jīng)在人群中擴(kuò)散，而且肯定是在第一次感染后就極速擴(kuò)散。

研究人員分析了病毒的變異情況，發(fā)現(xiàn)了病毒快速傳播的證據(jù)，但并沒(méi)有證據(jù)表明病毒變得更容易傳播，或者更容易引起嚴(yán)重的疾病。

"病毒正在發(fā)生變化，但是病毒自身的這種變化并不代表著它將變得更可怕。" Balloux教授在接受CNN采訪時(shí)說(shuō)道。

自2019年12月，首次發(fā)現(xiàn)新冠病毒肺炎后，第一個(gè)新冠病毒全基因組序列于2020年1月5日公布，此后，已經(jīng)有數(shù)千個(gè)基因組被測(cè)序，并全球共享。Balloux教授認(rèn)為這一資源使得他們對(duì)新冠病毒過(guò)去的人口統(tǒng)計(jì)資料有了前所未有的洞察力，同時(shí)也監(jiān)測(cè)到了該病毒如何適應(yīng)其新型人類(lèi)宿主，為指導(dǎo)藥物研發(fā)和疫苗設(shè)計(jì)提供了信息。

研究團(tuán)隊(duì)分析了7666個(gè)公共基因組數(shù)據(jù)集，包括出現(xiàn)的時(shí)間等，指出所有序列在2019年底共享一個(gè)共同的祖先。這一發(fā)現(xiàn)也支持了新冠病毒在這一時(shí)間感染了人類(lèi)宿主，在多個(gè)國(guó)家都呈現(xiàn)出基因多樣性，證明了廣泛的傳播。

Francois Balloux，倫敦大學(xué)學(xué)院遺傳研究所所長(zhǎng)、倫敦大學(xué)學(xué)院計(jì)算系統(tǒng)生物學(xué)教授。他的研究方向是基因組學(xué)、流行病學(xué)、進(jìn)化和生態(tài)學(xué)；重點(diǎn)研究重建人類(lèi)和野生動(dòng)物病原體的疾病暴發(fā)和流行病學(xué)，以及抗菌素耐藥性的出現(xiàn)。圖源：維基百科

研究團(tuán)隊(duì)確定了新冠病毒基因組中至今基本保持不變的區(qū)域，以及其他已經(jīng)積累了多樣性的區(qū)域。

通過(guò)聚焦于多次獨(dú)立出現(xiàn)的突變（同位素），確定了新冠病毒基因組中198個(gè)篩選后的復(fù)發(fā)性突變。近80%的復(fù)發(fā)性突變?cè)诘鞍踪|(zhì)水平上產(chǎn)生了非同源性的變化，提示新冠病毒可能存在持續(xù)的適應(yīng)性。

Orf1ab中編碼Nsp6、Nsp11、Nsp13和刺突蛋白S中的3個(gè)位點(diǎn)，以及刺突蛋白S中的1個(gè)位點(diǎn)的特點(diǎn)是出現(xiàn)了大量的復(fù)發(fā)性突變（>15個(gè)事件），這些突變可能預(yù)示著人類(lèi)宿主對(duì)新冠病毒的適應(yīng)性演化，具有特殊的意義。此外，研究團(tuán)隊(duì)還提供了一個(gè)交互式的用戶(hù)友好型網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用程序來(lái)查詢(xún)7666個(gè)SARS-CoV-2基因組的排列。

《感染、遺傳學(xué)與進(jìn)化》雜志是唯一歡迎研究宿主、病原體和病媒的遺傳學(xué)和進(jìn)化生物學(xué)以及與感染和疾病表現(xiàn)有關(guān)的共同進(jìn)化過(guò)程的文章的期刊，隸屬于頂級(jí)科學(xué)出版公司Elsevier。Elsevier產(chǎn)品包括《柳葉刀》、《四面體》和《細(xì)胞》等學(xué)術(shù)期刊。| 圖源：Elsevier

研究團(tuán)隊(duì)還發(fā)現(xiàn)了可以證明病毒在1月和2月第一例正式報(bào)告的感染病例的幾周或者甚至幾月前就開(kāi)始在歐洲、美國(guó)和其他地方感染人類(lèi)的證據(jù)。Balloux說(shuō)，在任何國(guó)家都不可能找到 "第一個(gè) "患者，這將是不可能的。

"所有這些關(guān)于試圖找到 ‘零號(hào)病人 ’的想法都是毫無(wú)意義的，因?yàn)橛刑嗟?"零號(hào)病人"，"Balloux說(shuō)。

Balloux團(tuán)隊(duì)的研究結(jié)果是正式發(fā)表的報(bào)告，經(jīng)過(guò)了其他同行的評(píng)審。在接受CNN采訪時(shí)他表示，一些報(bào)告發(fā)表在預(yù)印網(wǎng)站上，可能得出了不正確的結(jié)論。

"所有的病毒都會(huì)自然地變異。變異本身并不是一件壞事，沒(méi)有任何證據(jù)表明新冠病毒的變異速度比預(yù)期的快或慢。到目前為止，我們還不能說(shuō)新冠病毒的致死性和傳染性越來(lái)越強(qiáng)，還是越來(lái)越弱。"Balloux說(shuō)。

Lane Warmbrod——在約翰霍普金斯健康安全中心的分析師一直在跟蹤新的冠狀病毒的遺傳學(xué)報(bào)告。Warmbrod說(shuō)，更多的研究需要在動(dòng)物中進(jìn)行來(lái)顯示病毒的遺傳學(xué)中的變化是如何使得病毒更多或者更多地具有傳染性或者致病性的。

Warmbrod女士是約翰-霍普金斯大學(xué)衛(wèi)生安全中心的分析師，也是約翰-霍普金斯大學(xué)彭博公共衛(wèi)生學(xué)院的研究助理。她的主要研究方向包括傳染病的演變和傳播、疫情應(yīng)對(duì)、衛(wèi)生安全政策和生物倫理學(xué)。圖源John Hopkins

對(duì)藥物治療和疫苗開(kāi)發(fā)的意義

科學(xué)、研究和技術(shù)新聞聚合網(wǎng)站Phys.org點(diǎn)評(píng)道，這項(xiàng)UCL領(lǐng)導(dǎo)的研究調(diào)查描繪出了新冠病毒基因組的多樣性模式，從而為直接藥物和疫苗靶點(diǎn)提供了線(xiàn)索。

新冠病毒的彩色掃描電子顯微照片，圖源NIAID

Balloux教授解釋說(shuō)："戰(zhàn)勝病毒的一個(gè)主要挑戰(zhàn)是，如果病毒發(fā)生變異，疫苗或藥物可能不再有效。如果我們把精力集中在病毒中較少變異的部分，我們就有更好的機(jī)會(huì)開(kāi)發(fā)出長(zhǎng)期有效的藥物。我們需要開(kāi)發(fā)出不容易被病毒躲避的藥物和疫苗。"

共同第一作者Lucy van Dorp博士（同屬UCL遺傳學(xué)研究所）補(bǔ)充說(shuō)："病毒之間的基因差異或突變?nèi)匀缓苌?。我們發(fā)現(xiàn)，其中一些差異在大流行過(guò)程中多次發(fā)生，且彼此獨(dú)立存在——隨著更多基因組可以被我們獲得，我們需要繼續(xù)監(jiān)測(cè)這些差異并且完成研究來(lái)確切地明白它們?cè)谧鍪裁??！?/p>

法國(guó)科學(xué)家佐證

由在Avicenne醫(yī)院的臨床微生物學(xué)部工作的J.R. Zahar博士作為通訊作者，于5月3日發(fā)布在愛(ài)思唯爾集團(tuán)旗下權(quán)威期刊《抗菌藥物國(guó)際雜志》的論文 “SARS-CoV-2 was already spreading in France in late December 2019”（《新冠病毒在2019年12月底已經(jīng)在法國(guó)傳播》）也從一定程度佐證了Fran?ois Balloux團(tuán)隊(duì)的研究成果。

法國(guó)于2020年1月24日?qǐng)?bào)告了首批新冠病毒感染病例（共兩例）。J.R. Zahar介紹這兩例病例被廣泛認(rèn)為是法國(guó)的首次確診病例。然而由于新冠肺炎最常見(jiàn)的狀況是出現(xiàn)類(lèi)似于流感的疾病癥狀。當(dāng)時(shí)恰逢歐洲國(guó)家與季節(jié)性流感作斗爭(zhēng)，而這兩者的臨床癥狀近似，因此J.R. Zahar決定在法國(guó)巴黎附近醫(yī)院重癥監(jiān)護(hù)室（ICU）采集呼吸道樣本以追溯時(shí)間。

在論文里報(bào)告了2019年12月在巴黎北部某醫(yī)院重癥監(jiān)護(hù)室住院的一例因咳血住院的患者，他并無(wú)病理的診斷。而J.R. Zahar團(tuán)隊(duì)對(duì)這位患者儲(chǔ)存的呼吸道樣本進(jìn)行了RT-PCR的回顧性檢測(cè)，對(duì)這位患者下了這樣的診斷：他被確診為新冠病毒感染?；谶@個(gè)結(jié)果，J.R. Zahar認(rèn)為新冠肺炎的流行在法國(guó)開(kāi)始得更早。

參考文獻(xiàn)

1. CNN，Coronavirus quickly spread around the world starting late last year, new genetic analysis shows，

https://www.cnn.com/2020/05/05/health/genetics-coronavirus-spread-study/index.html

2. Fran?ois Balloux et al, Emergence of genomic diversity and recurrent mutations in SARS-CoV-2, Infection, Genetics and Evolution (2020).

DOI: 10.1016/j.meegid.2020.104351

3.J.R. Zahar，SARS-CoV-2 was already spreading in France in late December 2019, International Journal of Antimicrobial Agents(2020).

https://doi.org/10.1016/j.ijantimicag.2020.106006

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